اعتقد الإغريق القدماء مثل "جالينوس" (180م) أن الغذاء تحدث له عملية إعداد في الجهاز الهضمي ثم يمتص ويذهب للكبد حيث يتحول إلى دم ويكتسب أرواحاً طبيعية تنشأ منها روح حيوية تمد الجسم بالحيوية وروح حيوانية تقوي الغرائز الحيوانية.
وكان هذا التفكير يرتكز على الفلسفة أكثر مما يرتكز على حقائق علمية وبالرغم من ذلك فقط ظل يسيطر على العقول لأجيال طويلة
ولعل أول تفكير واقعي لتفسير عملية الهضم كان تفكير "فان هلمونت" (1577-1644) الذي افترض حدوث عمليات تخمر متتابعة للغذاء تبدأ في المعدة وحتى هذا الوقت لم تكن الإنزيمات قد اكتشفت بعد
وفي سنة (1785) اكتشف "كارميناتي" وجود حامض في المعدة وفي سنة 1823 اكتشف "بروت" أن هذا الحامض هو حامض "الايدروكلوريك" واعتقد العلماء لفترة أن عملية الهضم في المعدة تتم فقط بواسطة حامض "الايدروكلوريك" وفي سنة 1825 اكتشف "شفان" وجود إنزيم في عصارة المعدة يساعد على الهضم وأسماه إنزيم"البيسين" وفي سنة 1831 أشار "لوشمس" إلى تأثير اللعاب في مساعدة هضم النشا وفي سنة 1834 بين "أبرل" أهمية عصارة البنكرياس في هضم الدهون وفي سنة 1857 بين "كورفيزات" أهمية عصارة البنكرياس في هضم المواد البروتينية وكان من أوائل من وصف تحركات المعدة جراح في الجيش الأمريكي يدعى "وليام بيمونت" في الفترة بين سنة 1825 وسنة 1833 عندما درس وظائف المعدة على رحالة كندي يدعى "الكسمس سانت مارتين" إثر إصابته بطلق ناري ترك بعد شفائه فتحة بين تجويف المعدة والسطح الخارجي للجسم وقد أتاح ذلك لـ"وليم بيمونت" تجميع عصارة المعدة ودراسة تحركاتها وفي سنة 1868 وصف "لودنج" تحركات الأمعاء (المعروفة من قديم الزمن) بطريقة علمية منسقة وفي سنة 1899 قام "باليس"و"ستارلنج" بتسجيل حركات الأمعاء في حيوانات تجارب مما أتاح دراستها بالتفصيل وكان "كانون" هو أول من درس حركة المعدة والأمعاء باستخدام الأشعة السينية في الفترة من 1898 إلى 1902 وأدى ذلك إلى إدخال الأشعة السينية كوسيلة من وسائل التشخيص بالنسبة للجهاز الهضمي ومنذ مطلع القرن العشرين حدث توسع كبير في فهم وظائف الجهاز الهضمي وطرق تنظيم إفراز العصارات الهاضمة وتنظيم حركات المعدة والأمعاء وقد ساعد على ذلك حدوث تقدم كبير في علم الكيمياء الحيوية وتفهم تركيب المواد الغذائية وتركيب العصارات الهاضمة كما أسهم التقدم التكنولوجي الكبير في معرفة دقائق كثيرة كانت خافية على الإنسان حيث أصبح من الممكن الآن إدخال مناظير ضوئية لمشاهدة تجاويف المعدة والأمعاء وتبين حالتها والطريقة التي تؤدي بها وظائفها
