وينتج سوء الامتصاص عن أمراض تصيب الأمعاء الدقيقة أو أمراض البنكرياس والكبد والحويصلة المرارية وفي حالات ما بعد العمليات الجراحية الخاصة بقرحة المعدة وكذلك نتيجة للإصابة بأنواع معينة من الطفيليات ، فبالنسبة لأمراض الأمعاء الدقيقة من
الممكن أن ينتج عن حساسية في مادة "الجلوتين" وهي مادة بروتينية توجد في بعض أنواع الدقيق خاصة في دقيق القمح والشعير والشوفان وهذه المادة تعرقل عملية امتصاص المواد الغذائية ، والجيلوتين لا يوجد له أسباب مرضية كما أنه ليس وراثياً ولا معدياً ولكنه يرجع إلى وجود حساسية الأمعاء لهذا النوع من الطعام ومن مظاهر هذا المرض فقد الشهية للطعام والإسهال ، وفي حالة وجود تضخم في الأوعية الليمفاوية الخاصة بامتصاص المواد الدهنية لا تمتص وتذهب مع الفضلات حاملة معها الفيتامينات الدهنية والأملاح وأملاح الكالسيوم والمواد الأخرى التي تسبب النقص الشديد في الجسم.
والأمراض التي تصيب جدار الأمعاء الدقيقة أيضاً لها دور كبير خاصة في حالات الالتهابات والأورام وغيرها وبالنسبة لأمراض البنكرياس فإن نقص إفراز العصارات البنكرياسية ينتج عنه نقص في المواد الهاضمة التي تحدثنا عنها من قبل وهي تربسين الاميلاز وخميرة ليباز. أما عن العصارة الصفراوية فهي تساعد على هضم وامتصاص المواد الدهنية الموجودة في الغذاء فإذا نقصت هذه المادة نتيجة وجود حصوة في المرارة أو انسداد في القناة الكبدية أو ورم في إحداهما ينتج عن ذلك عدم امتصاص المواد الدهنية ، كذلك بعد العمليات الجراحية خاصة قرحة المعدة بعد استئصال جزء من الأمعاء الدقيقة ثم توصيل الأمعاء بالاثني عشر مما يؤدي إلى سرعة إخراج الطعام المهضوم في الأمعاء إلى القولون بسرعة أكبر فلا يستفيد منها الجسم وأحيانا تحدث بعد تلك العمليات جيوب في الأمعاء الدقيقة مما يترتب عليه تكاثر البكتريا التي تستخدم فيتامين (ب 12) لنموها وبذلك لا يستفيد الجسم من هذا الفيتامين ويتسبب عنه أنيميا خبيثة وهناك أيضاً بعض الطفيليات وخاصة : وحيدة الخلايا مثل "الجيارديا" التي تصيب الجزء العلوي من الأمعاء الدقيقة فهي تعيش في الجزء الخاص بالامتصاص من الأمعاء مما تؤدي إلى عدم امتصاص المواد الغذائية وإصابة الفرد بسوء الامتصاص الذي يظهر بصورة ألم في أعلى البطن وإسهال وقد يشبه أعراض قرحة الاثني عشر إلى حد ما.